Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib

PythonPythonBeginner
Практиковаться сейчас

This tutorial is from open-source community. Access the source code

💡 Этот учебник переведен с английского с помощью ИИ. Чтобы просмотреть оригинал, вы можете перейти на английский оригинал

Введение

В этом практическом занятии вы научитесь считывать изображение с магнитно-резонансной томографии (МРТ) в массив NumPy и отображать его в оттенках серого с использованием библиотеки matplotlib.

Советы по работе с ВМ

После запуска виртуальной машины ( ВМ ) нажмите в левом верхнем углу, чтобы переключиться на вкладку Ноутбук, чтобы получить доступ к Jupyter Notebook для практики.

Иногда вам может потребоваться подождать несколько секунд, пока Jupyter Notebook не загрузится полностью. Валидация операций не может быть автоматизирована из-за ограничений Jupyter Notebook.

Если вы сталкиваетесь с проблемами во время обучения, не стесняйтесь обращаться к Labby. Оставьте отзыв после занятия, и мы оперативно решим проблему для вас.


Skills Graph

%%%%{init: {'theme':'neutral'}}%%%% flowchart RL python(("Python")) -.-> python/DataStructuresGroup(["Data Structures"]) python(("Python")) -.-> python/FileHandlingGroup(["File Handling"]) python(("Python")) -.-> python/DataScienceandMachineLearningGroup(["Data Science and Machine Learning"]) matplotlib(("Matplotlib")) -.-> matplotlib/BasicConceptsGroup(["Basic Concepts"]) matplotlib(("Matplotlib")) -.-> matplotlib/PlottingDataGroup(["Plotting Data"]) python(("Python")) -.-> python/ModulesandPackagesGroup(["Modules and Packages"]) matplotlib/BasicConceptsGroup -.-> matplotlib/importing_matplotlib("Importing Matplotlib") matplotlib/BasicConceptsGroup -.-> matplotlib/figures_axes("Understanding Figures and Axes") matplotlib/PlottingDataGroup -.-> matplotlib/heatmaps("Heatmaps") python/DataStructuresGroup -.-> python/tuples("Tuples") python/ModulesandPackagesGroup -.-> python/importing_modules("Importing Modules") python/FileHandlingGroup -.-> python/file_reading_writing("Reading and Writing Files") python/FileHandlingGroup -.-> python/with_statement("Using with Statement") python/DataScienceandMachineLearningGroup -.-> python/numerical_computing("Numerical Computing") python/DataScienceandMachineLearningGroup -.-> python/data_visualization("Data Visualization") subgraph Lab Skills matplotlib/importing_matplotlib -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} matplotlib/figures_axes -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} matplotlib/heatmaps -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} python/tuples -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} python/importing_modules -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} python/file_reading_writing -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} python/with_statement -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} python/numerical_computing -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} python/data_visualization -.-> lab-48833{{"Визуализация изображений с магнитно-резонансной томографии (МРТ) с использованием Matplotlib"}} end

Импортировать необходимые библиотеки

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib.cbook as cbook

Загрузить данные изображения с магнитно-резонансной томографии (МРТ)

Мы будем использовать функцию get_sample_data из matplotlib для загрузки образца изображения с МРТ. Изображение имеет формат 16-разрядных целых чисел размером 256x256.

with cbook.get_sample_data('s1045.ima.gz') as dfile:
    im = np.frombuffer(dfile.read(), np.uint16).reshape((256, 256))

Отобразить изображение с магнитно-резонансной томографии (МРТ)

Мы будем использовать функцию imshow из matplotlib для отображения изображения с МРТ в оттенках серого.

fig, ax = plt.subplots(num="MRI_demo")
ax.imshow(im, cmap="gray")
ax.axis('off')
plt.show()

Резюме

В этом практическом занятии вы узнали, как загрузить изображение с магнитно-резонансной томографии (МРТ) в массив NumPy и отобразить его в оттенках серого с использованием библиотеки matplotlib. Вы можете использовать эти знания для визуализации других медицинских изображений.