Matplotlib による MRI 画像の可視化

はじめに

この実験では、NumPy 配列に MRI 画像を読み込み、matplotlibライブラリを使ってグレースケールで表示する方法を学びます。

VM のヒント

VM の起動が完了したら、左上隅をクリックしてノートブックタブに切り替え、Jupyter Notebook を使って練習しましょう。

時々、Jupyter Notebook が読み込み終了するまで数秒待つ必要がある場合があります。Jupyter Notebook の制限により、操作の検証を自動化することはできません。

学習中に問題に遭遇した場合は、Labby にお問い合わせください。セッション後にフィードバックを提供してください。すぐに問題を解決いたします。

必要なライブラリをインポートする

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib.cbook as cbook

MRI 画像データを読み込む

matplotlibのget_sample_data関数を使って、サンプルの MRI 画像を読み込みます。画像は 256x256 の 16 ビット整数形式です。

with cbook.get_sample_data('s1045.ima.gz') as dfile:
    im = np.frombuffer(dfile.read(), np.uint16).reshape((256, 256))

MRI 画像を表示する

matplotlibのimshow関数を使って、MRI 画像をグレースケールで表示します。

fig, ax = plt.subplots(num="MRI_demo")
ax.imshow(im, cmap="gray")
ax.axis('off')
plt.show()

まとめ

この実験では、NumPy 配列に MRI 画像を読み込み、matplotlibライブラリを使ってグレースケールで表示する方法を学びました。この知識を使って、他の医用画像を可視化することもできます。