매니폴드 임베딩 기법 | 숫자 데이터셋 | 머신러닝

소개

이 실습에서는 숫자 데이터셋에 대한 다양한 매니폴드 임베딩 기법을 탐색합니다. 숫자 데이터셋을 다른 기법으로 임베딩하고, 원본 데이터의 투영을 각 임베딩에 플롯하여, 서로 다른 임베딩 방법으로 얻은 결과를 비교합니다.

VM 팁

VM 시작이 완료되면 왼쪽 상단 모서리를 클릭하여 Notebook 탭으로 전환하여 연습을 위한 Jupyter Notebook에 접근합니다.

때때로 Jupyter Notebook 이 완전히 로드되기까지 몇 초 정도 기다려야 할 수 있습니다. Jupyter Notebook 의 제한으로 인해 작업의 유효성 검사를 자동화할 수 없습니다.

학습 중 문제가 발생하면 Labby 에게 문의하십시오. 세션 후 피드백을 제공하면 문제를 신속하게 해결해 드리겠습니다.

숫자 데이터셋 로드

이번 실습에서는 숫자 데이터셋을 로드하고, 사용 가능한 10 개 클래스 중 6 개만 사용합니다. 또한, 이 데이터셋에서 처음 100 개의 숫자를 플롯합니다.

## 숫자 데이터셋 로드
from sklearn.datasets import load_digits

digits = load_digits(n_class=6)
X, y = digits.data, digits.target
n_samples, n_features = X.shape
n_neighbors = 30

## 처음 100 개 숫자 플롯
import matplotlib.pyplot as plt

fig, axs = plt.subplots(nrows=10, ncols=10, figsize=(6, 6))
for idx, ax in enumerate(axs.ravel()):
    ax.imshow(X[idx].reshape((8, 8)), cmap=plt.cm.binary)
    ax.axis("off")
_ = fig.suptitle("64 차원 숫자 데이터셋에서 선택된 샘플", fontsize=16)

임베딩 함수 플롯

임베딩을 플롯하기 위한 도우미 함수를 정의합니다. 이 함수는 임베딩 데이터와 플롯 제목을 입력으로 받습니다. 함수는 임베딩 위에 각 숫자를 플롯하고, 숫자 그룹에 대한 주석 상자를 표시합니다.

import numpy as np
from matplotlib import offsetbox
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler

def plot_embedding(X, title):
    _, ax = plt.subplots()
    X = MinMaxScaler().fit_transform(X)

    for digit in digits.target_names:
        ax.scatter(
            *X[y == digit].T,
            marker=f"${digit}$",
            s=60,
            color=plt.cm.Dark2(digit),
            alpha=0.425,
            zorder=2,
        )
    shown_images = np.array([[1.0, 1.0]])  ## just something big
    for i in range(X.shape[0]):
        ## 임베딩 위에 각 숫자를 플롯합니다.
        ## 숫자 그룹에 대한 주석 상자를 표시합니다.
        dist = np.sum((X[i] - shown_images) ** 2, 1)
        if np.min(dist) < 4e-3:
            ## 너무 가까운 점은 표시하지 않습니다.
            continue
        shown_images = np.concatenate([shown_images, [X[i]]], axis=0)
        imagebox = offsetbox.AnnotationBbox(
            offsetbox.OffsetImage(digits.images[i], cmap=plt.cm.gray_r), X[i]
        )
        imagebox.set(zorder=1)
        ax.add_artist(imagebox)

    ax.set_title(title)
    ax.axis("off")

임베딩 기법 비교

다양한 방법을 사용하여 서로 다른 임베딩 기법을 비교합니다. 각 투영을 수행하는 데 필요한 투영된 데이터와 계산 시간을 저장합니다.

from sklearn.decomposition import TruncatedSVD
from sklearn.discriminant_analysis import LinearDiscriminantAnalysis
from sklearn.ensemble import RandomTreesEmbedding
from sklearn.manifold import (
    Isomap,
    LocallyLinearEmbedding,
    MDS,
    SpectralEmbedding,
    TSNE,
)
from sklearn.neighbors import NeighborhoodComponentsAnalysis
from sklearn.pipeline import make_pipeline
from sklearn.random_projection import SparseRandomProjection

embeddings = {
    "Random projection embedding": SparseRandomProjection(
        n_components=2, random_state=42
    ),
    "Truncated SVD embedding": TruncatedSVD(n_components=2),
    "Linear Discriminant Analysis embedding": LinearDiscriminantAnalysis(
        n_components=2
    ),
    "Isomap embedding": Isomap(n_neighbors=n_neighbors, n_components=2),
    "Standard LLE embedding": LocallyLinearEmbedding(
        n_neighbors=n_neighbors, n_components=2, method="standard"
    ),
    "Modified LLE embedding": LocallyLinearEmbedding(
        n_neighbors=n_neighbors, n_components=2, method="modified"
    ),
    "Hessian LLE embedding": LocallyLinearEmbedding(
        n_neighbors=n_neighbors, n_components=2, method="hessian"
    ),
    "LTSA LLE embedding": LocallyLinearEmbedding(
        n_neighbors=n_neighbors, n_components=2, method="ltsa"
    ),
    "MDS embedding": MDS(
        n_components=2, n_init=1, max_iter=120, n_jobs=2, normalized_stress="auto"
    ),
    "Random Trees embedding": make_pipeline(
        RandomTreesEmbedding(n_estimators=200, max_depth=5, random_state=0),
        TruncatedSVD(n_components=2),
    ),
    "Spectral embedding": SpectralEmbedding(
        n_components=2, random_state=0, eigen_solver="arpack"
    ),
    "t-SNE embeedding": TSNE(
        n_components=2,
        n_iter=500,
        n_iter_without_progress=150,
        n_jobs=2,
        random_state=0,
    ),
    "NCA embedding": NeighborhoodComponentsAnalysis(
        n_components=2, init="pca", random_state=0
    ),
}

projections, timing = {}, {}
for name, transformer in embeddings.items():
    if name.startswith("Linear Discriminant Analysis"):
        data = X.copy()
        data.flat[:: X.shape[1] + 1] += 0.01  ## Make X invertible
    else:
        data = X

    print(f"Computing {name}...")
    start_time = time()
    projections[name] = transformer.fit_transform(data, y)
    timing[name] = time() - start_time

결과 플롯

각 방법으로 얻은 결과 투영을 플롯합니다.

for name in timing:
    title = f"{name} (time {timing[name]:.3f}s)"
    plot_embedding(projections[name], title)

plt.show()

요약

이 실험에서는 숫자 데이터셋에 대한 다양한 매니폴드 임베딩 기법을 탐색했습니다. 숫자 데이터셋을 다양한 기법으로 임베딩하고, 원본 데이터의 투영을 각 임베딩에 플롯하여 서로 다른 임베딩 방법으로 얻은 결과를 비교했습니다. 결과는 각 임베딩 방법이 임베딩 공간에서 유사한 숫자를 함께 그룹화하는 데 얼마나 효과적인지에 대한 통찰력을 제공합니다.

손글씨 숫자 데이터셋의 매니폴드 학습

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숫자 데이터셋 로드

임베딩 함수 플롯

임베딩 기법 비교

결과 플롯

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