Emacs открывает файлы в буферах. Редактирование сначала изменяет буфер, а сохранение записывает его текущее содержимое по связанному пути. Читайте сообщения минибуфера: разрешения, конфликтующие изменения на диске и другие ошибки могут помешать записи.
Продвинутый Text-Fu · Урок 10
Emacs Манипулирование файлами
Узнайте, как в Emacs открывать, сохранять, переименовывать, перечитывать и проверять файловые буферы.