Они управляют совершенно не связанными форматами программного обеспечения.

RPM — это низкоуровневый инструмент для работы с пакетами и базой данных, лежащий в основе высокоуровневого рабочего процесса DNF с учётом зависимостей.

Это псевдонимы с одинаковыми параметрами и поведением.

RPM используется только для пакетов Debian, а DNF — только для исходного кода.