Обе команды являются текстовыми редакторами одного и того же файла расписания.

at планирует повторяющиеся задания, а cron выполняет команду только один раз.

at планирует однократное выполнение задания в будущем, а cron — повторяющиеся задания.

at может запускаться только от имени root, а cron — только от имени обычного пользователя.