Что должно содержаться в backup-list.txt?
backup-list.txt
Только config/app.conf.
config/app.conf
Только путь к system-backup.tar.gz.
system-backup.tar.gz
Относительные пути data, config и logs, каждый с новой строки.
data
config
logs
Одна строка с тремя именами каталогов, разделёнными запятыми.