Что устанавливает выполнение git init внутри ~/project/time-travel-pack?
git init
~/project/time-travel-pack
Инициализирует родительский каталог ~/project как корень рабочего дерева.
~/project
Превращает только chrono_gadget.py в репозиторий.
chrono_gadget.py
Создаёт один глобальный репозиторий для каждого каталога в домашней папке.
Делает ~/project/time-travel-pack корнем рабочего дерева репозитория.