set-default はファイルを編集し、isolate はユーザーアカウントを作成します。

一方は必ず再起動し、もう一方は必ず電源をオフにします。

どちらもまったく同じ効果を持つ別名です。

set-default は次回以降のブートで使用するターゲットを選択し、isolate は実行中のシステムを現在すぐに別のターゲットへ切り替えます。