どちらも同じ実行可能ファイルとバージョンを指す別名です。

Minikube は API サーバーで、kubectl は etcd データベースです。

Minikube は Pod だけを作成し、kubectl は Service だけを作成します。

Minikube はローカルクラスターのプロファイルを管理し、kubectl は Kubernetes API サーバーにリソース要求を送信します。