2 つ目のマニフェストが、1 つ目のバックアップコピーにすぎないためです。

各 go.mod が、そのパッケージから生成された実行ファイルであるためです。

各ディレクトリが、個別のモジュール ID を持つ独立した Go モジュールとして初期化されているためです。

すべての Go ソースファイルに専用の go.mod ファイルが必要なためです。