Procesamiento de imágenes de resonancia magnética (MRI) | NumPy | Matplotlib

Introducción

En este laboratorio, aprenderá a leer una imagen de resonancia magnética (MRI) en una matriz de NumPy y a mostrarla en escala de grises utilizando la librería matplotlib.

Consejos sobre la VM

Una vez finalizada la inicialización de la VM, haga clic en la esquina superior izquierda para cambiar a la pestaña Cuaderno y acceder a Jupyter Notebook para practicar.

A veces, es posible que tenga que esperar unos segundos a que Jupyter Notebook termine de cargarse. La validación de las operaciones no se puede automatizar debido a las limitaciones de Jupyter Notebook.

Si tiene problemas durante el aprendizaje, no dude en preguntar a Labby. Deje sus comentarios después de la sesión y lo resolveremos rápidamente para usted.

Skills Graph

%%%%{init: {'theme':'neutral'}}%%%% flowchart RL python(("Python")) -.-> python/DataStructuresGroup(["Data Structures"]) python(("Python")) -.-> python/ModulesandPackagesGroup(["Modules and Packages"]) python(("Python")) -.-> python/DataScienceandMachineLearningGroup(["Data Science and Machine Learning"]) matplotlib(("Matplotlib")) -.-> matplotlib/BasicConceptsGroup(["Basic Concepts"]) matplotlib(("Matplotlib")) -.-> matplotlib/PlottingDataGroup(["Plotting Data"]) python(("Python")) -.-> python/FileHandlingGroup(["File Handling"]) matplotlib/BasicConceptsGroup -.-> matplotlib/importing_matplotlib("Importing Matplotlib") matplotlib/BasicConceptsGroup -.-> matplotlib/figures_axes("Understanding Figures and Axes") matplotlib/PlottingDataGroup -.-> matplotlib/heatmaps("Heatmaps") python/DataStructuresGroup -.-> python/tuples("Tuples") python/ModulesandPackagesGroup -.-> python/importing_modules("Importing Modules") python/FileHandlingGroup -.-> python/file_reading_writing("Reading and Writing Files") python/FileHandlingGroup -.-> python/with_statement("Using with Statement") python/DataScienceandMachineLearningGroup -.-> python/numerical_computing("Numerical Computing") python/DataScienceandMachineLearningGroup -.-> python/data_visualization("Data Visualization") subgraph Lab Skills matplotlib/importing_matplotlib -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} matplotlib/figures_axes -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} matplotlib/heatmaps -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} python/tuples -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} python/importing_modules -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} python/file_reading_writing -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} python/with_statement -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} python/numerical_computing -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} python/data_visualization -.-> lab-48833{{"Visualización de imágenes de resonancia magnética (MRI) con Matplotlib"}} end

Importar las bibliotecas necesarias

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib.cbook as cbook

Cargar los datos de la imagen de resonancia magnética (MRI)

Utilizaremos la función get_sample_data de matplotlib para cargar la imagen de muestra de resonancia magnética. La imagen está en formato de enteros de 16 bits de 256x256.

with cbook.get_sample_data('s1045.ima.gz') as dfile:
    im = np.frombuffer(dfile.read(), np.uint16).reshape((256, 256))

Mostrar la imagen de resonancia magnética (MRI)

Utilizaremos la función imshow de matplotlib para mostrar la imagen de resonancia magnética en escala de grises.

fig, ax = plt.subplots(num="MRI_demo")
ax.imshow(im, cmap="gray")
ax.axis('off')
plt.show()

Resumen

En este laboratorio, aprendió a cargar una imagen de resonancia magnética (MRI) en una matriz de NumPy y a mostrarla en escala de grises utilizando la librería matplotlib. También puede utilizar este conocimiento para visualizar otras imágenes médicas.