Matplotlib MRI-Bildvisualisierung

Einführung

In diesem Lab lernst du, wie du ein MRI-Bild in ein NumPy-Array einliest und es mit der matplotlib-Bibliothek in Graustufen anzeigt.

Tipps für die VM

Nachdem der Start der VM abgeschlossen ist, klicke in der oberen linken Ecke, um zur Registerkarte Notebook zu wechseln und Jupyter Notebook für die Übung zu nutzen.

Manchmal musst du einige Sekunden warten, bis Jupyter Notebook vollständig geladen ist. Die Validierung von Vorgängen kann aufgrund der Einschränkungen in Jupyter Notebook nicht automatisiert werden.

Wenn du bei der Lernphase Probleme hast, kannst du Labby gerne fragen. Gib nach der Sitzung Feedback, und wir werden das Problem für dich prompt beheben.

Importieren der erforderlichen Bibliotheken

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import matplotlib.cbook as cbook

Laden der MRI-Bilddaten

Wir werden die get_sample_data-Funktion aus matplotlib verwenden, um das Beispiel-MRI-Bild zu laden. Das Bild ist im 256x256 16-Bit-Ganzzahlformat.

with cbook.get_sample_data('s1045.ima.gz') as dfile:
    im = np.frombuffer(dfile.read(), np.uint16).reshape((256, 256))

Zeige das MRI-Bild an

Wir werden die imshow-Funktion aus matplotlib verwenden, um das MRI-Bild in Graustufen anzuzeigen.

fig, ax = plt.subplots(num="MRI_demo")
ax.imshow(im, cmap="gray")
ax.axis('off')
plt.show()

Zusammenfassung

In diesem Lab hast du gelernt, wie du ein MRI-Bild in ein NumPy-Array lädst und es mit der matplotlib-Bibliothek in Graustufen anzeigst. Du kannst dieses Wissen auch verwenden, um andere medizinische Bilder zu visualisieren.