Beide Befehle sind Texteditoren für dieselbe Zeitplandatei.

at plant einen einmaligen Job für einen zukünftigen Zeitpunkt, während cron wiederkehrende Jobs plant.

at plant wiederkehrende Jobs, während cron einen Befehl nur einmal ausführt.

at kann nur als Root ausgeführt werden, während cron nur als normaler Benutzer ausgeführt werden kann.